间谍是文明进入工业时代后解锁的一种特殊平民单位，需要通过市政外交部门解锁并消耗生产力来生产。它的核心作用有两个，一是派往敌国城市执行秘密任务来削弱对手，二是留驻在本方城市进行反间谍活动，防范其他文明的间谍渗透。防守是间谍最根本的用途，将间谍派驻到自己的城市执行反间谍任务，可以保护该城市市中心及周围一圈共七个单元格的区域。任何进入这片区域的敌方间谍，其行动等级都会被降低，更容易被抓捕。
这在后期尤其重要，比如当对方已经开始飞天流程时，需要重点保护自己的宇航中心，严防敌方间谍来破坏火箭研究。如果不想被隔三差五出现的游击队骚扰，也需要派间谍去社区进行反间谍。在进攻端间谍可以执行多种任务来干扰对手的发展节奏，最直接的手段是到对方城市的商业中心抽取资金，可以直接获取大量金币。或者去学院窃取科技提升，帮助获得尤里卡加成。如果想在文化上压制对手，可以去剧院广场偷窃巨作。当发现某个文明即将取得科技胜利时，可以派间谍去有宇航中心的城市执行破坏火箭研究，虽然基础成功率只有9%到20%，但这是延缓对方的关键手段。
间谍还能破坏工业区或堤坝，瘫痪其功能数十回合。除了直接破坏，间谍还能执行一些影响深远的任务。在敌国城市煽动骚乱可以降低其忠诚度，配合军事压力可能让城市独立。陷害总督则能让对方的总督在数回合内无法工作，而建立情报站能提升对该文明的外交能见度，这在战争中能提供战斗力加成。间谍也可以被派往城邦执行捏造丑闻任务，以减少其他文明在那里的影响力。为了更好地完成任务，可以先在对方首都执行风险较低的获取信息源任务，成功后能为该文明后续所有行动提供成功率加成。
