智慧树苗会以自然生成形式刷出在珊瑚礁群以及沉船残骸附近，这种资源型作物可以充当树枝、木头以及木炭的产出来源之一，依靠这些燃料就可以稳定度过低温环境。操控角色使用任意品质的铁锹就可以将地图中的智慧树苗给挖走，被挖掉的智慧树苗在后续的五天之内会停止往下一阶段生长，被雨水淋到后才会回到自然生长状态。
并且智慧树苗还属于一种可进行移植的再生型资源作物，所以空手就可以把未成熟的智慧树苗采摘走，带上采摘走的树苗去就可以重新将其种植在其他空地区域。通过这种形式种下去的智慧树苗即使一直不施加肥料，也会自动从最初的树苗阶段生长到大树形态。其次被铁锹挖走的智慧树苗还可以直接当做柴火使用，尤其是在温度极低的冬季需要在屋子内依靠火堆来维持角色体温处于正常水平。在火焰完全熄灭掉之前手持月亮树苗并朝着火坑中心丢一下，这样被丢到火坑内的月亮树苗就会当做维持火焰燃烧时长的燃料消耗掉。
只需要将一株挖到的智慧树苗丢入到火坑里面，此处的火堆就会在多燃烧一百八十秒后自动熄灭掉。这里也可以将任意品质的锤子装备在角色身上，随后手持锤子并对着地图中的智慧树苗按一下使用键，这样就可以操控角色挥动锤子将智慧树苗给砸掉。这里需要注意虽然智慧树苗在月岛浴场群系以及月岛森林内都有可能生成，但是在主世界中的这两种地形进入到火山季之后，几乎所有的树苗有很大概率在成长大树之前全部枯萎掉。由于这些树苗都是经受不住高温而直接枯萎掉的，所以在火山季持续期间维持植株一直活性状态，就需要借助其他的降温工具来防止树苗长时间处于高温状态下。
并且珊瑚礁群以及沉船残骸在每个秋季结束之后，由于低温环境的影响同样会对所有的作物树苗产出较大程度的生长影响，此时就可以选择用铁锹把已经停止生长的树苗给挖走。将其挖走后就可以拾取到掉落在原地的一根普通树枝，所以一定不能选在冬季去挖珊瑚礁群以及沉船残骸附近的树苗。当然在联机版本中还有可能在浅海边缘岛屿中发现自然生长出的智慧树苗，相对于其他生成区域来说，这里刷出的智慧树苗只适合加工成生火燃料使用。尤其是在进入到这一年的冬季之前，就可以多筹集一些智慧树苗来作为安全度过整个冬季的柴火。这里需要注意在挖智慧树苗时有概率惊扰到附近的树精守卫，树精守卫醒来后的第一时间会视角色为仇恨对象并发起反击。利用这一特性就可以大量刷出树精守卫的专属掉落物，每击杀掉一只树精守卫百分百会出现的掉落物就是活木以及怪物肉，在运气较好时还有可能额外掉一个噩梦燃料。
