指挥官主线任务的核心顺序是第二场梦、内战以及后续的牺牲等任务，这些任务通过星图上的接合点解锁，需要先完成海王星接合点和Natah系列任务并达到段位要求才能开启。第二场梦是指挥官功能的起点，任务从入侵Grineer资料库开始，需要在天王星完成一个间谍任务，三个数据金库必须全部成功入侵否则任务会直接失败，之后前往天王星水下场景装备Archwing搜寻一块碎片。接着任务会引导到海王星哨站追击Stalker并穿过一道Orokin虚空之门，最后在月球完成能量引导和环境激光的机关解密以及保卫储梦池的战斗。
任务过程中会触发时空异常，此时需要按数字5键召唤指挥官，用虚空射线破解灵煞的能量屏障，这个阶段指挥官只能短时闪现攻击，需要依托战甲掩护走位。最终完成脑波同步后解锁指挥官的基础召唤功能以及专精系统，同时还会从五大专精学派中做出初始选择。内战任务的解锁条件是完成第二场梦并打通通往赛德娜的接合点，达成后邀请函会自动发送到游戏邮箱。任务开始后需要追踪并捕获两个泰辛魅影，这些魅影第一次被击败倒地后会复活一次，需要再次攻击才能完成最终捕获，建议携带控制型战甲来应对。
捕获完成后登上飞船进入潜入环节，飞船航行过程中会周期性出现激光屏障扫描，激光从哪一侧射出就紧贴对侧移动，这个阶段不能使用冲刺。通过激光区域落地后任务转为防御模式，需要保护操作台完成安全系统覆写，覆写进度达到百分之百后会出现大量敌人，全部消灭才能正式进入内战关卡，准备擅长区域控制的战甲会让防守压力小很多。
