运输舰船是后勤支援的核心单位，主要负责物资运输、兵力投送和战略部署。游戏内可承担运输任务的舰船主要分为专用运输舰和多功能运输舰两类，前者以高运载量和稳定性见长，后者则兼具战斗与运输能力。
专用运输舰的代表型号包括星际物流舰和先锋运输舰。星际物流舰拥有游戏内最高的仓储容量，适合大规模资源调度或同盟级战略物资转移，但其机动性较低，需搭配护航舰队使用。先锋运输舰则强调快速部署能力，曲率航行速度较快，常用于紧急补给或前线支援任务。这两种舰船均不具备显著战斗能力，需依赖其他战舰保护航线安全。
多功能运输舰以721载机型、迅捷级武装运输船等型号为主，这类舰船在运载量上稍逊于专用运输舰，但能搭载护航艇或自卫武器系统。721载机型可配置2个护航艇机库，通过舰载机提供区域防空或反舰火力；迅捷级武装运输船则配备基础火炮，能应对小规模遭遇战。多功能设计使其在资源采集、战区巡逻等复合任务中表现突出，但需注意其战斗效率低于专业战舰。
运输舰船的运用需结合战场环境调整策略。高价值物资运输建议采用星际物流舰+防空舰队的编队模式，利用战列巡洋舰或驱逐舰护航；短途快速运输可选用先锋运输舰单独行动，依托计划圈规避敌方侦察。采矿作业中，721载机型与工程舰混编能显著提升效率，其仓储模块可减少资源往返次数。需注意所有运输任务均应避开高活跃交战区，并通过前哨站建立中转节点以降低风险。
技术强化方面，优先升级运输舰的动力系统与仓储模块。动力强化可缩短航行时间，仓储扩容则直接提升单次运输量。部分型号如迅捷级武装运输船可加装装甲涂层，但需权衡载重与防御性能。蓝图研究时，技术值应优先分配给运输专属子系统，避免浪费在非核心战斗模块上。
运输舰船的实际效能高度依赖玩家对星图态势的判断。合理规划航线、实时监控敌对势力动向、灵活调整编队构成，是确保运输任务成功的关键。后期可结合隐形运输舰执行渗透任务，但其操作门槛较高，需充分熟悉游戏机制后尝试。
