孵化一枚受精的恐龙蛋是获得二代龙的关键，只有从驯养的一对雌雄恐龙处获得，或是从野外巢穴中冒险偷取的受精蛋才能孵化，普通野生龙蛋无法孵出幼龙。野外偷蛋风险极高，通常会激怒附近的成年龙。更稳妥的方法是自行繁殖，驯服同一物种的一公一母两只恐龙，将它们关在一个足够近的封闭空间内，然后将两者的行为模式都设置为巡逻或直接开启允许交配。此时它们头顶会出现爱心图标，雌性上方会显示一个交配进度条，进度条满后便会产下一枚受精卵。受精卵在物品栏中会有特殊的红色云状标识，获得受精蛋后核心挑战在于维持精确的孵化温度。
每种恐龙蛋都有其特定的适宜温度区间，温度过高或过低都会导致孵化进度暂停，甚至使蛋的健康值持续下降直至损坏。将蛋丢弃到地面上即可开始孵化，此时界面会显示孵化进度条和蛋的健康值。必须根据蛋的状态提示来调节环境，如果提示太热了，就需要减少热源或增加降温措施，如果提示太冷了则要增加热源。前期可以使用多个篝火或壁炉围成一圈，通过增减数量来手动调节温度。后期解锁空调后会简单许多，摆放三到四台正常运行的空调就能为绝大多数龙蛋提供稳定的适宜温度。一个建议是在室内进行孵化，以避免天气对温度的干扰。
在孵化过程进行时需要持续监控，蛋一旦被捡起再放下，孵化进度会重置，放置后就不要移动它。要确保热源燃料充足，并时刻关注蛋的健康值，防止因温度失控而前功尽弃。当孵化进度条达到百分之百后，幼龙便会破壳而出。此刻必须立即与幼龙互动认领，使其成为己方单位。幼龙出生后的喂养是又一个紧张阶段，刚出生的幼龙各项属性极低，饱食度下降速度非常快，一旦食物耗尽就会死亡。
必须第一时间将正确的食物放入它的物品栏，食肉幼龙需要生肉或优质生肉，食草幼龙则需要各种浆果或蔬菜。在婴儿期幼龙无法自己从饲料槽进食，需要持续手动喂养，因此提前储备大量食物至关重要。同时要对幼龙提供严密保护，因为即使是很小的野生生物也能轻易杀死幼龙。随着幼龙成长进入少年期后，就可以在它身边放置饲料槽，它便能自动取食减轻照看压力。
