隐藏任务是游戏体验的重要组成部分，它们通常不会直接标记在地图上，需要玩家通过探索或特定条件触发。其中最著名的隐藏任务之一是沉默是金，玩家会接到神秘人的电话，要求在限定时间内找到并拆解夜之城的炸弹。这个任务与主线剧情无关，但包含了丰富的剧情和深度，是游戏中最具挑战性的隐藏内容之一。另一个隐藏任务情比金坚则需要玩家在科罗纳多农场东传送点附近调查车库，随后与樱花集市的红发男对话，最终通过血迹线索解锁全食品厂的密码门（0214）。这类任务往往需要玩家对环境细节保持高度敏感。
沃森之爱是一个由四个子任务组成的系列，玩家需要在沃森区帮助一名女子寻找被绑架的男友，过程中涉及线索追踪和复杂的事件解决。类似的多阶段任务还有塔罗牌，玩家需收集散布在夜之城的20张塔罗牌，最终交给维克多进行深度解读。这类任务通常贯穿整个游戏进程，需要玩家在探索中保持耐心和观察力。而火箭人任务则充满黑色幽默，玩家要帮助自称要飞往火星的Gary完成火箭制作，结局充满戏剧性。
地底城任务链围绕神秘失踪案展开，玩家需探索废弃地铁站并与名为灵的强大敌人对抗。另一个工业区任务天上掉馅饼则要求玩家在废弃加油站附近调查翻车事故，通过尸体线索触发犯罪举报，最终可获得橙色装备奖励。这类任务往往将环境叙事与战斗挑战结合，考验玩家的综合游戏能力。野心如火这类任务需主线完成后才能解锁，玩家需在Afterlife酒吧找到罗格接取危险委托，其剧情深度和任务设计体现了CDPR一贯的高水准。
部分隐藏任务与游戏机制深度绑定，如猎杀超梦被认为是游戏中最具挑战性的任务之一，玩家需要解密线索、突破陷阱重重的秘密基地，最终与超梦及其追随者进行多阶段战斗。这类任务不仅考验战斗技巧，还需要合理利用黑客技能和环境互动。而大曝光任务则与主线紧密关联，需先完成天空过客主线，随后在沃森区接收桑德拉的短信才能触发，其剧情选择会影响后续发展。这些隐藏内容共同构成了夜之城庞大而细腻的任务网络。
隐藏任务的触发方式各异，有些需要特定时间访问地点，有些则依赖NPC的好感度或选择分支。例如某些任务只有在完成全部支线后，才能在最终任务夜曲OP.55N.1中通过特定对话选项解锁隐藏结局。这类设计鼓励玩家进行全面探索，也增加了游戏的可重复体验价值。部分任务如目击赛博精神病系列虽然以委托形式出现，但其背景故事和战斗设计都具有隐藏任务的品质特征。
