诸葛弩作为中国文明的特色兵种，存在多个明显的弱点，诸葛弩最为惧怕的是高护甲的重装骑兵和圣骑士。这些单位凭借出色的防御力和高速机动性，能迅速冲破防线接近诸葛弩，使其远程优势无法发挥。即使诸葛弩的单次伤害较高，但缓慢的射速导致其难以在近身前输出，一旦被贴近便几乎失去反制能力。远程压制兵种同样对诸葛弩构成严重威胁，投石车的范围伤害能瞬间消灭成群的诸葛弩，而弩炮凭借超远射程可以在诸葛弩的攻击范围外进行精准打击。
精锐掷矛手虽然单次伤害较低，但凭借廉价和快速生产的特性，能通过数量优势消耗诸葛弩的黄金资源。机动性不足是诸葛弩的另一项短板，面对轻骑兵或骑射手的骚扰时，诸葛弩显得尤为笨拙。轻骑兵能快速绕后袭击诸葛弩阵型，骑射手则可以利用射程和移动优势执行风筝战术。诸葛弩的短射程使其无法有效反击，必须依赖其他兵种的保护。
到了后期诸葛弩的短板会更加明显，其射程劣势使其难以对抗长弓兵或火枪手。虽然火箭术科技能提升攻击力，但仍无法弥补基础属性的不足。要保护诸葛弩最好搭配长枪兵或轻骑兵进行掩护，这些单位能有效阻挡敌方骑兵的冲锋，为诸葛弩创造输出环境。同时需要避免让诸葛弩暴露在敌方远程火力下，特别是投石车的范围攻击。在阵容成型后诸葛弩在帝王时代初期仍能短暂主宰战场，但随着战局进入大后期，其价值会逐渐降低。
