间谍功能只能通过市政里的外交部门进行解锁，通过市政和科技，最多还能获取四个间谍容量。如果还想增加间谍容量，还可以通过市政广场二级建筑情报站赠送一个间谍容量，还能提高行动成功的概率。间谍分别能派遣到自己的城市、城邦，还有对手的城市里。自己的城市只有一个作用，可以对所在单元格以及周围一个单元格内进行反间谍活动。如果有其他领袖的间谍在反间谍范围内执行任务，就会降低对方的行动等级，并且很容易被抓捕。
除非进行一些特定的升级，否则一般不使用。因为范围太小了，不能有效保护自己的城市。但是后期科技胜利飞天的时候，航天中心可以重点保护一下，有效保证自己的飞天进程。如果派遣到城邦，可以进行捏造丑闻活动，让城邦里除自己以外使者数量最高的文明减少三个使者。后续升级可以增加减少的使者数量，竞争城邦宗主国有效，要不然只能增加自己的使者。但是使者的数量是有限的，要想成为更多城邦的宗主国，只能够派遣间谍进行捏造丑闻活动，还是比较好用的。
然后就是派遣到其他文明的城市，获取信息员在完成任务后，接下来二十四回合以内进行任务，可以提高成功的概率。但是对于高等级的间谍没有用，因为它的本质是临时提高等级，偷窃巨作，窃取科技提升，偷一个尤里卡。这个科技必须对方解锁了，但是还没有解锁这个科技的尤里卡，并且不是直接解锁科技，只是解锁尤里卡煽动骚乱减对方城市。还有忠诚度，一般用来间谍升级，非常好用。陷害总督，让对方总督七回合内无法任职。而且总督还得派遣，实际时间更长，但是用途不大。
第三个作用是建立情报站，提高外交能见度。一级交战时外交能见度更高，可以有情报优势，有战斗力加成。并且招募对方最新科技兵种野蛮人捣乱，如果后期突然出现坦克野蛮人，那就是有人派遣间谍了。抽取资金就是偷钱，在三十回合内慢慢给钱。然后破坏生产、火箭研究和堤坝等，就是在对应区域进行破坏。一般后期破坏对方航天活动，用活动成功概率跟间谍等级有关，还与升级的类型有关。
