想要拿到秘密琥珀这个道具需要从华蓝市上方正辉的家里拿到圣安奴号船票，从华蓝市一路向下，通过地下通道穿过枯叶市。前往枯叶市的码头对着船员出示圣安奴号船票，他就会允许玩家进入圣安奴号游轮。进入圣安奴号游轮后玩家需要前往最顶层去找船长，他会将居合斩的秘传学习器送给玩家。拿到居合斩的秘传学习器后，玩家需要让自己队伍里的一个宝可梦学习这个技能。
让宝可梦学会了居合斩后，玩家就需要返回初期的尼比市。到达尼比市后玩家要往城市的东北方向走，那里有一座尼比市科学博物馆。玩家从正门进去需要花费五十元买门票，但是从正门进入是拿不到秘密琥珀的。玩家需要找到尼比市科学博物馆的后门，博物馆的后门就在正门右侧被一棵小树挡住的那个入口里。
玩家需要让自己队伍中的宝可梦使用刚才学会的居合斩技能把这棵拦路的小树砍掉，这样就能进入尼比市科学博物馆的后门了。从后门进入尼比市科学博物馆的研究所内部后，玩家会看到几名研究人员。直接走到最里面找到右侧桌子旁站着的那位研究人员并和他对话，他就会把秘密琥珀放进玩家的背包里。秘密琥珀的使用地点位于红莲岛，玩家需要带着秘密琥珀进入红莲岛上的研究所，将秘密琥珀交给红莲岛研究所最里面那间实验室的研究人员，他就会把秘密琥珀复活成化石翼龙交给玩家。
