圣胡安教会古墓需要解决一系列水下和机关谜题才能完成，进入古墓挑战区域后，沿着路径向前走，尽头会遇到一个水池，从这里潜下去开始水下探索。水下有海鳗鱼和食人鱼，必须利用水域里的水草作为掩护才能安全通过。躲开海鳗鱼后沿着左前方前进，游过旁边的洞口。上岸后会来到另一个水池，水池上方有一个绳柱，使用绳箭射向绳柱并拉断，左边的石门就会开启出现新的通道。进入通道后从上面的通气口翻进去，到达有食人鱼的水域。
从箭头指向的洞口游出去，剪短连接木筏的绳子并快速上到木筏上，利用木筏往右边的墙壁上攀爬。到达泛洪区营地后，就到了圣胡安教会古墓的主体。从前方的木梯一直往上爬，进入圣胡安教会古墓主墓室。沿着箭头方向通过木筏一路往前跳，跳过两个木筏后，需要下水剪断拴住木筏的绳子。这一操作一定要迅速，因为水下有食人鱼，快速剪断后立即跳上木筏避免被食人鱼攻击。同样剪断前面的木筏，然后跳上旁边的台子上。
沿着往前会路过大水车，这个水车是过关的关键。来到平台上转动转盘水柱就会移动，将水柱移动到右边的木箱位置，水柱撞到箱子会让箱子下沉，水位下降之后左边就会多一条路。通过小路走到前面的绳柱那里，利用绳箭将两个绳柱连接起来。再次回到平台上转动转盘，将水柱移动到左边的水车那里。
水柱冲击水车，水车转动右下方的石门会开启，需要估算门开启的程度移开水柱。水柱不能一直冲击水车，否则绳索会因为承受不住重量而断裂。通过左边的小路走到开启的门那里，沿着箭头进入通道，从箭头指向的窗户跳过去，这沿着木制栈道一直往上，走到尽头会看见过关佛像。按下佛像的木牌，就成功完成了圣胡安教会古墓。
