驯服翼龙是扩展全期跑图的重要方式，游戏中有多种翼龙，常见的包括无齿翼龙、古神翼龙和风神翼龙，它们的驯服方法都有所差异。驯服前的准备工作需要准备十字弩或长管步枪，搭配麻醉箭或麻醉镖，这是提高翼龙眩晕值的关键工具。流星锤在对付无齿翼龙和古神翼龙时特别有用，可以暂时将它们定在原地。还要准备足够的麻醉药或黑果子，用来维持翼龙昏迷期间的眩晕值。驯服食物方面翼龙属于肉食动物，优质生肉或生羊肉是不错的选择，要是能准备渡渡鸟蛋饲料会更好。
寻找翼龙的位置很关键，无齿翼龙通常在海滩、平原和红木林上空盘旋。古神翼龙多在森林区域活动，有时会停在地面休息。风神翼龙体型较大，在红色方舟附近和地图中部平原都能找到，飞行高度与红木树相当。针对不同翼龙要采用不同的击晕方法，对付无齿翼龙可以趁它落地时用流星锤定住，然后从背后用麻醉箭射击头部。古神翼龙很警觉，需要穿吉利服悄悄靠近，再用流星锤定住后射击。风神翼龙最难对付，被攻击后会快速逃跑，建议选择低等级个体驯服。
可以采用爪钩配合阿根廷巨鹰的方式，骑乘巨鹰接近风神翼龙后跳伞并用爪钩固定在巨鹰身上，通过口哨指令让巨鹰追击，同时用长管步枪射击。多人协作时会轻松很多，可以骑乘古神翼龙直接射击风神翼龙，古神翼龙的鞍有额外座位允许乘客使用武器。击晕后的处理方式基本相同，要迅速靠近昏迷的翼龙，打开它的物品栏放入食物。风神翼龙和无齿翼龙的眩晕值下降很快，需要随时补充麻醉药或黑果子。
在驯服过程中最好用木质拒马围住翼龙，防止被其他生物攻击。驯服完成后需要制作对应的鞍才能骑乘，不同翼龙的鞍解锁等级不同。古神翼龙鞍在55级解锁，无齿翼龙鞍较早就能解锁，风神翼龙鞍在76级解锁。骑乘翼龙飞行时要注意耐力消耗，所有飞行坐骑在耐力耗尽后都会被迫降落。风神翼龙驯服后可以搭载平台鞍建造移动基地，拥有出色的负重和飞行能力。古神翼龙能趴在垂直的岩壁或红杉树上休息，允许骑乘者使用武器。无齿翼龙速度快但负重低，适合前期代步。
