僵尸博士是屋顶章节最后一关的终极BOSS，僵尸博士会驾驶着巨大的机器人对房子发起进攻。僵尸博士具有多个技能，第一个就是会不断地往屋顶上放置僵尸。根据自身血量的高低，会放下不同等级的僵尸，从普通僵尸到伽刚特尔依次递增。并且僵尸博士在常规情况下是不会受到伤害的，只有它将机器人的头部遥控下来后，才可以对其发起攻击。并且僵尸博士在下来的时候，会释放冰球或者是火球。
这两个属性的球，都会向前方不断的滚动，并将这一排的植物全部压扁。其中冰球和铺在地面上的冰可以会被火爆辣椒烧掉，而火球会被寒冰菇清除。在处理冰球的时候，火爆辣椒一定要放在对应的道路上。因为火爆辣椒的伤害范围是一排，如果放错位置冰球是不会消失的。传送带里的火爆辣椒和寒冰菇在碰到难以解决的冰车或者伽刚特尔时，可以用来作为救场植物使用，但一定要保证火爆辣椒和寒冰菇各有一个。
在僵尸博士下来的时候，也可以用寒冰菇进行连环控，让投手们多打一些伤害。当场上的植物种植的足够多时，僵尸博士会丢出汽车将植物们压扁。如果把植物种到了屋顶的前四排，僵尸博士还会操控机器人把植物采扁。
这一关不用自带植物，是一个特殊的传送带关卡。传送带里会随机传来卷心菜、玉米和西瓜这三个投手，还有花盆、火爆辣椒和寒冰菇。前三个射手是本关的主要输出，最好保证每一排的投手分布是均匀的，这样可以就能有效抵挡每一排出现的僵尸。当僵尸博士被击杀后，如果是第一次通关，将会获得一个银色的向日葵雕像和大量的钻石。
