在正常情况下，一个运河需要在研究了蒸汽动力这个相对靠后的科研后才会被解锁。但是秦始皇的个人技能允许玩家在解锁了砌砖科技之后，就能建造运河，算是最早能解锁运河的文明领袖。可以建造运河后，首先要考虑的是哪里才能建立运河。就和社区一样，运河是一种只要有符合条件的地形，就可以在一座城市多次建立的区域设施。
一座运河的建立需要满足三个条件，第一个条件是运河只能建立在平原之上，丘陵地带不能建立运河。第二个条件是修建运河的两边必须有水，或者一边有水，而另一边是这座城市的市中心。第三个条件是一条运河的一端最多只能进行六十度的转向，也就是说如果运河起点是在一个六边形单元格的左下方，那其终点只能是该单元格的右上方或者是左上方，不能是其他方向。在满足了以上三个条件后，就可以开始建造运河了。
运河的修建只有两个用处，第一个用处非常明显，那就是允许海上单位穿过这个单元格。对于海军单位来说，运河能让他们从一片海域快速进入到另外一片海域。或者是让他们能从海洋进入到某个内陆湖泊进行修整，提高了海军单位的机动性。而运河的另一个用处则是能够促进商业，所有穿过运河的己方商人都会因为运河而获得双倍的收益。假如己方的商人是通过陆路行进至萨马尔罕，但是却可以赚到六个金币，而前往其他城邦则只能赚到三个金币。这多出来的金币就是因为商人的必经之路上拥有运河，所以商人的利润也加大了。因此只要能在正确的商业路线上建立运河，就能赚到更多的金钱。
但是运河的地位相对尴尬，除了秦始皇之外，所有文明结合运河的时间都相对较晚。在高难度的情况下等研究出了运河的时候，自己的基本盘也应该稳固了，此时能建立运河的地方恐怕已经少之又少。同时运河的通行能力也可以轻松的被市中心替代，因为一个建立在两处水域交界处的市中心也可以允许海军单位自行通过，根本不需要浪费生产力来建立运河。因此运河只有在特定的某些地块内才能发挥出它们全部的优势，而其商业价值也远高于其军事价值。
