如果想秘密结社，就必须要拥有它的模组，在进游戏前选择开启秘密结社，然后就可以在游戏之中拥有秘密组织了。不过秘密组织并不会因为开启了这个模式就会直接让玩家加入，想要获得加入秘密组织的资格，就需要主动去发现他们。找到秘密组织的方式基本上都和探索有关，在游戏中使用各类单位前去拜访村庄、首次发现某个城邦、首次发现某个自然奇观。或者是剿灭一个野蛮人营地，都有一定概率获得秘密结社的传闻。不同的秘密结社组织是与不同的探索地点绑定在一起的，像是虚空吟唱者这个团体就只能通过拜访村庄来获取传闻，而拜访城邦可以解锁弥涅尔瓦夜莺。
游戏中一共拥有四种不同的秘密结社团体，每种团体都拥有极为独特的技能。但是一旦选择了加入某个团体，那么就不能退出这个团体，或者是加入其他团体了。由于不同团体的侧重点不同，所以在加入团体之前，需要先思考一下要如何活用各团体的特殊能力，以及究竟要取得何种胜利。加入秘密结社，除了要拥有传闻外，还要有一个总督头衔。当发现了第一个组织的传闻后，就会获得一个免费的头衔，属于是秘密结社的福利。当向某个组织支付了一个总督头衔后，就算是正式加入了这个社团，并且也将解锁该社团的第一个能力。
随着游戏时代的不断更迭，也将解锁更多的秘密结社能力。各大社团分别拥有四种不同的能力，四大能力的解锁时代分别是远古时代、中世纪、工业时代以及原子能时代。每当想解锁一个新的能力的时候，除了要到达其相对应的时代以外，需要再支付一个头衔。也就是说如果想要解锁一个秘密社团的全部能力，那就要付出四个头衔。除了拥有特殊能力，秘密结社也会影响和其他领袖的关系。如果对方的领袖和自己是同一个社团的同号，那就会增加外交关系，反之则会减少外交关系。如果自己或者对方还尚未加入任何一个社团，那么就不会影响任何外交关系。
如果不打海图无脑选虚空，不发教的文明因为本身没有信仰来源，所以反而更需要碑提供的四点信仰用来买工人和召英雄。夜莺商路给使者虽然很强，但是前期外商收益很低不会拉外商。匈牙利铁夜莺这个不谈，但实际上匈牙利也是典型的早战型文明。发育等于直接跑铁剑，要不了多少科技，跑完铁剑就征兵城邦升剑客开杀。而吸血鬼是要提前动的，就吸血鬼可以开始打的时候，小马都还没研究出来。所以不存在说打完了还没到前线的情况，一般都是还没开大已经到附近预备了。越往后打吸血鬼的单体战力越强，又能靠劫掠回血。实际上很容易打出吸血鬼单挑近国，其它军队去推远国。
