深层科研任务难度很大，但是相应的收益也很高，几乎是每周必做。解锁深层科研需要先完成系列任务墙中低语，解锁火卫二的解剖圣所。然后把科维兽声望升到五级，就会出现殁世械灵这个NPC，在他这里就能开启深层科研任务。打深层科研需要先在右下角激活，激活消耗两次衰退室次数，消耗后挑战将不限次数。深层科研任务和常规任务不同，需要连续完成三个任务。在这期间无法出图，不能更换装备，常规耗时半小时左右。
右侧是三个任务的介绍，把鼠标移到任务上时会发现，任务还有两个提升难度的机制。任务下方有敌人等级，还有三个限制敌人强化、提升敌人的生命值和护盾。重生限制是无法自己复活，死亡后如果没被队友拉起来，击杀后续出现的天使即可复活。队友死亡后九分钟还没复活，将无法获得任务奖励。如果死亡后队友完成的当前任务，进入下一个任务时会自动复活。消耗品限制就是消耗品道具会有三分钟的冷却时间，比如团队能量补给。右边是整个队伍的任务难度，左边是可供个人选择的单人难度。
上方是战甲武器的选择，会分别给出三个选择。至少有一个是自己拥有的战甲或武器，需要在机械库手动装上对应的战甲武器，在这直接用鼠标点是没用的。下方是个人难度改造，会进一步设置难度，需要手动勾选。战甲武器选择，个人难度改造，三个任务的类型都是每周周一刷新。战甲武器的选择，不同的玩家是不一样的，但是个人难度改造和任务类型大家都是一样的。勾选这些难度可以增加下方的任务点数，研究点数下方有一个箱子图标。达到对应的研究点数，完成任务即可解锁对应奖励，正常需要拿满全部奖励。因为奖励很丰厚，是获取执行官源力石最快的途径。
当第一次打深层科研，目标是解锁精英科研，需要二十五点的研究点数。这也就意味着需要把个人难度填满，战甲武器都得选择任务随机提供的，个人难度改造也得全部勾选上才能解锁精英科研。正常情况下单人是无法做到的，因为随机战甲武器加上敌人的强度很高和各种限制，根本打不过。除非随机的战甲和武器都非常给力，一般可以通过互带来解锁精英科研。
