巴巴罗萨战役是帝国时代2中极具挑战性的战役之一，玩家需要扮演神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世，通过战略布局和资源管理完成统一德意志的目标。战役的核心在于合理分配资源、快速扩张以及应对盟友的背叛风险。开局阶段需优先采集石头，用于建造城堡和防御工事，同时确保农民不断生产以维持经济运转。条顿文明的特色兵种条顿武士和游侠是战役中的主力，配合攻城器械可有效压制敌人。
第二关猛狮亨利是战役中的关键转折点，玩家初期没有城镇中心和农民，需依赖盟友提供的资源支撑。亨利狮子会在探索地图后叛变，因此必须提前部署兵力应对突发情况。利用攻城武器摧毁其出兵建筑可延缓叛变时间，同时尽快解救被困农民以建立自己的经济体系。海上防御同样重要，波兰会派遣战舰骚扰，需提前升级海军单位并控制制海权。
第三关教宗之争需要玩家在教皇与反教皇阵营中作出选择，这一决策将直接影响后续关卡的发展方向。支持教皇可通过僧侣转化敌方单位扩大影响力，而选择反教皇则需依靠军事力量快速压制对手。无论选择哪一方，都必须确保河道控制权，利用喷火船和战船组合消灭敌方海军。陆上进攻时需以条顿武士为核心，配合打包机逐步推进，避免分散兵力。
伦巴第联盟关卡对玩家的战略布局能力提出更高要求，需同时应对多个团结的敌人。优先攻占较弱小的城邦以获取资源，同时建立稳固的防御工事抵御反扑。奇观胜利是可选目标，但需在完全压制敌方主力后实施。最终关卡巴巴罗萨的远征要求玩家灵活利用敌对关系分化联盟，稳扎稳打推进战线，最终将国王遗体运送至圆顶大教堂完成任务。
战役整体强调防守反击与资源调配，条顿文明的城堡和步兵优势是通关的关键。玩家需根据关卡特点调整策略，避免过度依赖单一兵种或战术。
