英雄无敌5的战役剧情围绕六大种族展开，每个种族对应独立的五关战役，构成相互关联的史诗故事线。圣堂战役以伊莎贝尔女王为核心，讲述她从新婚遇袭到联合精灵对抗恶魔入侵的历程，期间需完成攻占城堡、建造魔法行会等战略目标，同时面临兵力调配与资源管理的双重考验。
炼狱战役聚焦阿格雷尔的复仇之路，其关卡设计强调快速行动与兵力交接。例如第四关寻船中，森林族部队会每日逃亡，玩家需在三天内攻占地下城堡以阻止兵力流失，同时利用外交能力收降野兵。阴影龙任务成为通关关键，提交100猎手可绕过重兵把守的关卡直取精灵主城。
亡灵战役以马卡尔为主角，其核心机制是依靠亡灵巫术召唤骷髅射手作战。在异端之地的领主关卡中，需运用失明魔法和支配大师控制敌军，同时注意受控单位受击会解除状态的特性。早期需迅速解救戈德里克之女弗蕾妲，并在特定位置触发与天使的遭遇战。
森林战役的群岛关卡采用多岛屿穿梭设计，芬丹需通过地道在岛屿间移动，独角兽角弓成为扭转战局的关键宝物。中央岛屿触发剧情时，比娅拉会趁芬丹被恶魔英雄纠缠之际杀死蒂鲁，该设定强化了战役的叙事张力。
地牢战役第五关雷拉格的意图存在特殊机制：攻占城堡后自动摧毁但获得便捷旅行魔法，可跳过强力守军关卡。这种设计鼓励玩家在战略层面权衡占领与破坏的利弊，而非单纯依赖兵力碾压。
最终战役三巨头需同时操控泽希尔、戈德里克和芬丹三位英雄，连续进行三场对抗马卡尔的战斗。该设定考验玩家对多英雄培养的全局规划，前序关卡中对马卡尔的技能培养将直接影响最终战难度。
