开启个人房间需要完成灵魂纷争剧情任务，这是解锁的基础条件。完成任务后，奥迪斯会通过收件箱赠送个人房间模块设计图，玩家需收集材料并在铸造舱制作该模块。制作完成后，前往飞船未开启的船舱，靠近门口时会自动开启。房间内包含布景台和谐音器，前者可自定义装饰，后者需通过扫描地图中的乐谱解锁音乐功能。
月球密室是另一类特殊房间，包含五种不同解谜机制。以管风琴密室为例，需依次触发机关并利用弹跳平台到达顶层；匿迹密室要求精准的位移操作避开激光陷阱；重力密室需吸收四周墙壁的能量激活中央楼梯；狡猾密室需破坏四根柱子；音乐密室则需按节奏完成互动。部分密室需特定战甲辅助，例如Loki的隐身能力可简化匿迹密室的通关流程。
解剖圣所的隐藏房间与墙中低语版本相关，主要用于收集音魂资源。这些房间入口常位于地图边缘或视觉死角，需注意星察导航未标记的路径。部分密室需从管风琴后墙或衰退室角落进入，内部通常包含石棺或音符互动点。建议携带扫描器定位隐藏入口，并优先清理周围敌人以避免干扰解谜。
水星彗星节点作为间谍任务房间，需完成前置任务链解锁。该房间包含三重数据库，G系版本新增陷阱门和飞艇巡逻单位。破解时需破坏灯光装置解除激光封锁，或使用解锁器直接绕过安全系统。注意资料库内的移动光束陷阱，触发警报会激活防御型山猫单位，需快速处理以避免任务失败。
