战役初期以GDI视角展开，玩家需在北美蓝区抵御NOD突袭，重点保护指挥中心并建立防御工事。开局快速建造发电厂和矿场保证资源供给，随后生产步兵和装甲单位应对敌方骚扰。中期任务涉及夺回被占领的五角大楼，需利用APC运输工程师占领关键建筑，同时防范NOD隐形坦克偷袭。
NOD战役以凯恩复活为起点，目标是通过煽动暴乱和科技窃取重建兄弟会势力。里约热内卢关卡需摧毁GDI行政中心并控制电台，利用自爆兵和喷火坦克突破防线。后续任务强调隐形单位与核弹的战术搭配，例如用幽灵火炮远程打击GDI基地，再以救世主机甲对抗根除者六足机甲。
Scrin作为隐藏阵营在剧情后期登场，其单位依赖泰伯利亚生态与空中优势。欧洲战场需优先建造重力稳定器维持部队生存，同时用母舰和风暴柱压制人类阵营。最终关卡要求激活全球阈限之塔，过程中需抵御GDI声波武器和NOD泰伯利亚导弹的双重干扰。
通用技巧：战役中桥梁和地形破坏是关键战术点，炸桥可延缓敌方推进但需预留工程师修复路径。单位经验系统提升至英雄级别后具备自动回血能力，优先保护高等级部队。注意收集地图中的补给箱，医疗箱和升级箱可显著提升作战效率。
剧情核心冲突围绕凯恩的升天计划展开，最终战需在思金人入侵背景下抉择阵营结局。GDI线以离子炮摧毁NOD大神宫收尾，NOD线则通过塔西佗装置解锁外星科技。战役分支取决于关键任务完成顺序，部分关卡需重复尝试以达成完美条件。
