玩家创建存档起好主角名字后会出现真新镇的家中，这时候需要下楼离开屋子，直接向真新镇北边的一号路草丛走去。当玩家即将踩到草丛的时候，大木博士会从玩家身后出现并阻止玩家进入草丛，并且会把玩家带到自己的研究所里。在研究所的桌子上摆放着三个精灵球，玩家可以在妙蛙种子、小火龙和杰尼龟这三只初始宝可梦中挑选一只。挑选完毕后劲敌小茂会从剩下的两只宝可梦里面挑选一只属性克制玩家的宝可梦，在玩家准备离开研究所时，小茂会主动走上前来发起挑战，对战结束后玩家就可以离开真新镇沿着一号路前往常磐市。
到达常磐市后玩家需要直接前往城市内的商店，一进门店员就会主动叫住玩家，并表示有一份大木博士的包裹需要玩家帮忙带回去。拿到这个重要道具大木的包裹后，玩家需要原路返回沿着一号路重新走回真新镇，并再次进入大木博士的研究所。将包裹交给大木博士后，玩家的劲敌小茂也会赶来，大木博士会将两个宝可梦图鉴赠送给玩家和小茂。
大木博士还会附赠五个精灵球，玩家在野外遇到野生宝可梦时就可以开始捕捉这些野生宝可梦了。建议玩家将野生宝可梦打成红血状态后再丢精灵球去捕捉它们，这样成功捕捉野生宝可梦的概率会更大一些。当玩家捕捉到新的野生宝可梦后，就可以在宝可梦图鉴里看到这些宝可梦的详细信息了。
