决斗场是3v3的实时战斗模式，双方玩家需要各准备3个忍者，并且进行排序，在入场的时候会根据顺序战斗，当前忍者死亡会自动接替下一位出场，如果没有死亡则继续战斗，将对方所有忍者全部击败即为胜利。每场对局有90秒倒计时，时间一到会根据双方忍者的血量计算，血量多的胜利。在这里所有忍者的血量都是一致的，局外的养成都会无效，比如装备、忍具等所加的属性都没有用，全部靠着玩家的技术来对决，也是对所有玩家都比较公平。
当决斗胜利之后会提升自己的段位，最低为见习，上面还有下忍、中忍和上忍，直到最高级是超影，从上忍开始可以ban忍者，被ban的忍者双方都不能选，上忍段位可以ban2个，之后每高一个段位可以多ban一个。决斗中奥义点是很重要的资源，开局有两个，最多是四个。有些技能和奥义的使用需要使用点数，技能命中后可以增加1点，组合技命中有2点，普攻不会增加，有点数就有进攻和反打的资源。
替身术会消耗1点，在受击后使用，能让角色脱离攻击并无敌2秒钟。在连招时有浮空保护机制，在刚击飞时可以连击，当浮空累计掉血超过20%伤害就会降低，如果再继续的话会强制落地，对方有2秒无敌。在倒地后也会有保护，倒地起身后的2秒也是无敌，用普攻和技能都不能抓取，只有带有扫地效果的攻击才能攻击倒地敌人。
