战舰队形的编辑是战斗策略的核心环节，但需明确游戏机制限制了手动调整阵型的自由度。舰队编组时，系统会根据舰船蓝图预设的定位自动分配前、中、后排站位，这种设计要求玩家通过舰船类型的选择和搭配间接影响阵型效果。指挥值系统是编队的基础限制，初始上限为300，通过基地升级可提升至400，合理分配指挥值才能实现舰队功能的最大化。
舰船定位决定了其在战斗中的站位逻辑。前排通常由防御型舰船如奇美拉级、ST59等承担，它们的高护甲和能量抗性能够有效吸收敌方火力；中排多为均衡型舰船，例如红宝石级或枪骑兵级，兼顾输出与生存；后排则部署高攻低防的舰船如卡利斯托鱼雷型或载机母舰。需舰船站位完全依赖蓝图固有属性，无法手动调整，因此玩家需在蓝图研究阶段就关注舰船的定位特性。
战术意图的实现依赖于舰队编组的精细化操作。创建舰队时，命名功能虽可自定义，但更关键的是通过舰船组合实现功能性互补。例如将防空型光锥级编入舰队可针对性克制敌方航母，而高速护卫舰组成的机动队适合执行包夹战术。舰队移动速度由最慢的舰船决定，因此在编组高速突击舰队时需剔除低速单位，或通过增援指令临时补充高人口舰船。维修舰的编入需谨慎评估，其治疗量在后期战斗中可能难以抵消敌方爆发伤害。
