想要拿到第三代的御三家，玩家必须先去推进主线剧情，不过在城都地区的一周目主线流程里，玩家是绝对没有任何机会见到第三代的御三家的。玩家需要按照主线剧情打完城都地区的八个道馆，然后一路向东通过冠军之路，在石英高原的宝可梦联盟里击败实力强劲的四天王以及最终的冠军渡。在屏幕上滚完制作人员名单并重新在家中醒来后，玩家就可以去找第三代的御三家了。
玩家需要去若叶镇的博士研究所拿到船票，坐上水流号轮船前往地图上的关都地区。到了关都地区后，玩家必须要挑战完关都地区的八个道馆，把十六枚徽章全部收集完。这时候玩家还要去挑战白银山最深处的那个大BOSS，也就是传说中的初代主角赤红，玩家需要用自己的宝可梦队伍把赤红的所有的宝可梦给打败，并且要再次看完一遍制作人员名单。
完成了击败赤红的二周目剧情后，玩家就需要前往金黄市，在金黄市的市中心有一栋非常显眼的建筑物，那就是曾经被火箭队占领过的西尔佛公司总部大楼。玩家这时候需要直接推门走进这栋大楼的一楼大厅，一进门就能看到大厅里站着一位穿着一身西装的NPC，这位就是丰缘地区的冠军大吾。这时候大吾会主动和玩家对话，在完成这一段对话后，大吾会让玩家从三个精灵球里面挑选一个作为他送给瓦基的礼物，而这三个球里装的就是第三代的御三家。
