潜水艇是现代时代的隐袭单位，科技需要电力解锁，基础产能消耗四百八十点，购买成本一千九百二十金币，每回合维护费六金币并持续消耗一点石油。它的近战攻击力六十五点，远程攻击力七十五点，射程两格，移动力只有三点，比同时代的主力舰船慢了一截。石油是限制潜艇规模的核心资源，没有稳定的石油来源就不要大量铺开潜艇生产线，造出来趴窝不动反而浪费维护费。潜艇最核心的机制是隐身状态，除非与敌方单位相邻、进入敌方市中心或军营的视野范围、被驱逐舰或其他海军袭击者探测到，否则敌方根本看不见它的存在。
这意味着潜艇可以悄无声息地穿过敌方海域而不触发任何警报，把攻击主动权完全握在手里。它的攻击是先手打击，打完一轮之后敌方才会反应过来潜艇的位置，这时候配合无音潜航能力，攻击后还能用剩余的移动力撤出敌方视野范围，重新回到隐身状态等待下一轮出手。潜艇可以掠夺沿海地格上的改良设施和区域，每掠夺一次获得的金币相当可观，后期还能直接掠夺海上贸易路线上的商船，对敌方经济造成持续性打击。
实战中潜艇的定位是高价值目标的定点清除者，敌方的主力舰船、航母、甚至运载着重要单位的海军运输船都是潜艇的理想猎物。攻击时优先瞄准那些护甲较低但威胁极大的目标，比如导弹巡洋舰和航母，一发鱼雷就能造成毁灭性伤害。潜艇也可以充当视野提供者，利用隐身优势潜入敌方海域，为后方的远程舰船和航母舰载机标记目标位置。航母战斗群中有几艘潜艇在暗处游弋时，敌方舰队根本不敢轻易靠近，潜艇的威慑力有时比它实际造成的伤害更有价值。德国的特色潜艇在海洋单元格作战时额外增加十点战斗力，视野范围也多一格，还能主动发现敌方海军袭击者，是所有文明中潜艇体系最完善的选择。
潜艇并非没有弱点，驱逐舰是它最大的天敌。驱逐舰搭载的声呐系统可以探测到附近两格内的潜艇，一旦被发现，潜艇脆弱的近战防御力在驱逐舰面前几乎不堪一击。应对驱逐舰的办法是让己方潜艇永远不要单独行动，在舰队中搭配一两艘己方驱逐舰在前面开路，提前清理敌方反潜单位。导弹巡洋舰配合驱逐舰的探测能力可以形成完整的反潜火力网，己方舰队中的潜艇则负责处理敌方的主力水面舰艇。
