抹除一座城市需要削弱城防、攻占城市、选择夷为平地，城市有两条血条，蓝色代表城墙红色代表城市生命值。远程单位和攻城器械只能消耗城墙和血量，但无法完成最后一击。只有近战单位，比如勇士、剑士、骑兵或者后期的坦克，才能在城市血量归零后走进格子完成占领。进攻之前要先侦察目标城市的状况，建在丘陵上的城市有额外防御加成，要是建在河流对岸，近战单位渡河进攻也会受到阻碍。城墙等级越高防御就越强，远程单位攻击城墙还会受到伤害惩罚。
攻城的主力应该是投石机、火炮这类攻城单位，它们能对城墙造成全额伤害。轰炸机在后期也能高效摧毁城防，攻城时可以派近战单位围住城市所有相邻的格子，能阻止城市每回合自动回血。当近战单位攻入一座血量归零的城市后，系统会弹出一个选项框。对于非原始首都的城市可以选择夷为平地，确认之后这座城市就会永久消失，所有建筑、区域、人口和地块改良设施都会被清除，格子变回荒地，城市里的奇观会保留下来。任何文明的原始首都是无法被摧毁的，即便占领了对方的原始首都，系统也不会提供夷为平地的选项。
要是想达成征服胜利，占领所有原始首都就够了。要是觉得某座自建城位置不好，可以把它交易给其他文明，然后立刻宣战，重新攻占后再选择夷为平地。另一种方法是把城市送给盟友或城邦，然后故意让忠诚度降到零点，等它叛变成自由城市后再出兵攻占。到了后期核武器是快速抹平城市的终极手段，一颗核弹或氢弹能瞬间摧毁城市及周边地块。但核打击会留下辐射污染区，影响地块产出，派建造者可以清理核污染。
