孤岛上的海洋矿洞分布在沿岸的浅海与深海区域，位置比较分散。进入这些矿洞需要先准备好水下装备，携带合适的生物再根据坐标去寻找洞口。前往海洋矿洞前，需要制作一套潜水服，包括潜水帽、潜水衣、潜水裤和脚蹼，这套装备能大幅延长水下活动时间。制作GPS定位器很有必要，可以实时查看当前坐标，方便对照地图寻找洞口。建议携带一只高血量的魔鬼蛙或者巨齿鲨作为坐骑，魔鬼蛙在水下游速快且可以上岸，巨齿鲨在深海能提供保护并激活鱼群buff增加伤害。
海洋矿洞的具体位置第一个在脚掌山正南面，南方半岛东南海域，坐标约90.136.3，洞内有牡蛎、石油和水晶。第二个在南方半岛西南海域，坐标90.913.5，入口在海底岩石底部。第三个在红方舟正西海域，坐标83.310.2。第四个在西部走廊西侧海域，靠近小瀑布坐标50.111.0。第五个在南方群岛正南素食岛西侧，坐标90.771.5。第六个在素食岛东侧海域，坐标87.390.2。第七个在雪山西北侧群岛海域，坐标15.910.4，周围比较寒冷可以穿潜水服保暖。第八个在雪山正北侧海域，坐标10.121.7，这片区域巨齿鲨密集，洞口附近有石油矿。
第九个在雪山东北侧海域，坐标10.439.9，沧龙和电鳗较多，入口在竖形海底岩石底部。第十个在恶魔岛东北海域，坐标08.290.1，周围电鳗较多。第十一个在南火山东侧海域，坐标36.291.1，开地图找X91空气墙附近。第十二个在东部平原东侧海域，坐标52.891.8，附近有沧龙出没。有些海洋矿洞藏身于深海岩石底部，洞口有长长的水草作为标志。找到洞口后光线会变暗，说明已经进入矿洞范围。
