完整的秘境挑战一共分为三个流程，也就是执行任务、达到boss房间以及通关boss战。首先第一步的执行任务内容分为很多种，比如将房间内的杂怪全部清掉，或者击杀掉特定的怪物和精英怪。当然也有可能是其他收集类的简单任务，比如收集矿石、晶石以及其他指定物品。最开始进入到的房间颜色固定为黄色，将对应的收集任务或者杀怪任务执行完之后，角色所在房间的颜色就会自动转变成绿色。
在进入到秘境挑战场景后，就可以在右上方观察到待完成的任务内容，将其做完之后就可以操控角色移动到最内侧的房间中，进入到房间就会看到boss战现出了本人。成功将房间内出没的最终boss解决掉之后，就可以获取到boss掉落的战利品宝箱以及其他奖励。在秘境副本中出没的最终boss有很多，比如利维坦、阿古斯巨兽以及尖刺行者等。
如果当前还未收集到职业宝石以及高属性装备的话，最好选择低深度的秘境副本进行挑战，这样不会浪费掉每一周刷新的奖励获取有效次数。这里需要注意每周之内只有六次获取到通关奖励的机会，全部用光之后只能等到下一周的周一刷新奖励领取次数。秘境的难度模式会根据选择的深度进行相应调整，只有在进入到秘境副本之前将难度调整为二十五或者更高，这样才能在结束boss战时额外收获到上千月魂。
