结局在最终任务夜曲OP.55N.1的天台对话中决定，共包含六个主要结局。大部分结局需要先完成特定角色的支线任务才能解锁，星星结局需要完成帕南的全部支线任务，在天台对话时选择向帕南求助，最后进入赛博空间时选择从井中回到自己的身体，结局中V会与帕南和阿德卡多部族一起离开。太阳结局需要完成罗格的全部支线任务，在天台对话时选择与罗格一起行动，赛博空间中选择回到自己身体。结局中V成为来生的传奇人物，接管罗格的地位。
节制结局需要完成帕南支线，与星星结局条件相同。在天台向帕南求助，但在赛博空间中选择把身体留给强尼，自己走过桥永远留在赛博空间，结局中强尼获得新生离开夜之城。恶魔结局不需要完成任何支线，在天台对话时选择相信荒坂华子服下阻断剂。击败亚当重锤后，在空间站面临签署合同或拒绝的选择，前者将意识上传成为荒坂的电子幽灵，后者返回地球但只能活六个月。
自杀结局同样不需要支线，在天台对话时选择我可以把这一切都抛下，然后扔掉药片，V会当场自杀结束。隐藏结局需要在任务插管中与强尼墓地对话时选择特定选项，将强尼好感度推到一定程度。在天台对话时什么也不选，等待一段时间后强尼会提出奇袭荒坂塔的选项。此路线难度极高，死亡即算自杀结局无存档点。战斗结束后进入赛博空间，后续分支与太阳或节制结局相同。
