运河是一种特殊的区域，它能够连接两个水域或者绕过陆地障碍。运河最基本的用途是缩短海上单位的航行距离，当两块海域被狭长的陆地隔开时，建造一条运河就能让船舰直接穿行，不必再绕远路。这对于调动海军或者开展海上贸易非常有用，一条规划得当的贸易路线经过运河，可以提高金币收入。在战争时期海军舰队也能通过运河快速抵达前线，避免漫长的绕行。建造运河必须建在平坦的单元格上，并且要同时与两个水域单元格相邻，或者连接一个水域与一个城市中心。
还有一种情况是可以建造运河奇迹巴拿马运河，它能一次性覆盖三个单元格的长度，连接更远的距离。运河所在的城市会成为一个重要的交通枢纽，不仅海军可以快速通过，商船也能利用这条捷径，从而提升整个文明的贸易效率。除了航运运河还能为相邻的工业区提供加成，将工业区紧挨着运河建造，可以稍微提升该区域的生产力产出。需要注意的是运河的建造受到工程师使用次数的限制，而且不能建在山丘或者森林等复杂地形上。因此在早期就要留意那些适合开凿运河的关键位置，比如狭窄的地峡。
占领这些战略要地，等到技术解锁后就能立即动工。利用运河可以改变一个文明的地理格局，它能让一个内陆城市变成临海城市，使这个城市可以建造海军和港口。它也能将一片孤立的水域融入到主要的航线路线上，打开新的贸易通道。在一些特定的地图上，一条位置关键的运河甚至能成为控制全局的战略支点。
