海洋中最麻烦的区域是深海，深海里的礁石是最多的。礁石有两种生成模式，一种是单个生成的零散礁石，遇到它们只需要略微调整航向就行。如果不缺船补丁，也可以直接闯过去。然而还有一种是密集生长的礁石群落，遇到它们只能选择绕开航行。深海里最值得探索的是主线必须的隐士岛，隐士岛虽然在难以航行的深海。不过只要阅读海上的漂流瓶，就可以直接定位隐士岛的位置，所以不需要去慢慢找。
而深海真正诱人的宝藏是猴岛上可移植的香蕉和芦苇，但是要到达猴岛却异常困难。因为猴岛附近的海域会刷新抢劫玩家的海盗猴，它们战斗力很强。靠近后会把船撞破洞，然后抢走船上的东西再逃之夭夭。即使把它们杀了，也会爆出诅咒，如果身上诅咒太多，甚至还会被同化成猴子。猴岛的生成规律需要非常大片的深海才能生成，而且不能离世界边缘太近。
它的生成顺序靠后，因此也会被水中木和盐矿影响。再加上可以通过大陆和月岛的形状来判断深海区域，可以得出当深海空间不受限时，西南海域生成猴岛概率最大。由于大部分情况下盐矿和水中木会挤占东南海域的空间，这种情况下东北海域生成猴岛和西南海域差不多，而且越靠近东南方向生成概率越高。如果西南海域和东北海域都没有足够的深海空间，那么基本上可以认为猴岛在东南海域。无论如何，猴岛还是有可能生成在西北海域的。
深海和中海会根据柏林噪声算法，进行一定程度的混合，谁也不能保证深海区域的形状。不过掌握了这几条规律之后，还是有点用的。最后最稳妥的找猴岛方法，是和世界边缘保持三个屏幕的距离，然后绕世界边缘一圈，这样一般就能找到猴岛。
