骷髅洞穴位于沙漠地图西北角，进入前必须先在矿井最底层拿到头骨钥匙。这个洞穴与普通矿洞不同，内部结构每天随机生成层数没有上限，越深入越容易找到稀有矿石和特殊物品。洞穴内可以挖掘到大量铱矿，这是后期制作高级设备的重要材料，随着层数增加铱矿出现的概率也会提升。进入前需要准备足够的基础物资，背包里至少要携带几十个炸弹和楼梯，炸弹用来快速清理矿石，楼梯能跳过难以处理的岩石堆。
恢复生命和体力的食物是必需品，推荐携带生命值回复量高的料理，比如奶酪或紫色蘑菇。采矿等级最好达到二级以上，这样使用稿子挖掘岩石的效率更高。出发当天优先查看电视占卜，选择紫星天出门，运气提升后更容易在洞穴中发现矿梯或特殊层。遇到成群的敌人时不要贪图战斗，直接用楼梯转移到下一层。每层探索时优先用炸弹炸开矿石密集区域，这样既能节省时间，也有机会发现隐藏的矿梯或树井。
树井是随机出现的深坑，跳下去可以一次下落3到15层，但会损失部分生命值，使用前要确保血量充足。特殊层的史前层通常出现在6层之后，内部有霸王喷火龙，击败后能获得恐龙蛋，带回家可以孵化出恐龙。宝箱层的出现概率与当日运气相关，要是遇到铺满地板的房间，说明这一层没有矿石直接离开即可。探索到100层以上时，铱矿出现频率大幅增加，同时有机会找到五彩碎片，这种稀有矿石可以兑换顶级武器或捐赠给博物馆。
