在风暴研究所中可以收集到三个精致原石箱以及一个珍贵原石箱，首先打开地图并传送风暴研究所正下方的那个锚点，角色落地后右拉视角就可以在研究所左侧看到一只机械圆球怪。这只圆球怪正在镇守着一个精致原石箱，将其杀掉后就可以将之前被封印着的原石箱给打开。开完箱子后转到正西方向并大跳到研究所大门口，在大门口会被一道蓝色的屏障阻挡在外面。
这里就需要操控角色拿一下大门右侧的能量球，随后朝着屏障扔出能量球就可以砸出一个缺口。从破出的缺口钻进去之后又会发现与刚刚一样的机械圆球怪在镇守箱子，打完怪并开掉第二个精致原石箱后，从右侧的坡道一直往下走道研究院的地下一层中。来到地下一层先进入到右侧的密室内就可以看到五个光球，这里就需要将其中任意一个光球推到密室大门外。
推出任意一个光球后带着光球继续朝着对侧的发射机关那里跑过去，将光球推动到正对着发射机关的位置，对好之后前方禁闭着的石门就会自动敞开，然后立即将右后方的设施机关启动一下。启动后从刚刚敞开的巨大石门走进去，进门后一直往里走就会在遇到古月风暴。穿过风暴后就可以看到三只机械圆球怪正在镇守一个珍贵原石箱，清完怪并将珍贵原石箱打开后，从左前方的台阶拐上去就可以看到两个发光球。随意将其中一个发光球推到台阶底下，推下去之后继续对准前方的发射口，对好之后跟着前方出现的蓝色屏障一直往前行进。跟随蓝色屏障会一直走到升降机上面，乘坐升降机上到研究院二层后，就可以把两个石柱间的珍贵原石箱给打开。
