船长室的位置自然在船上，玩家必须要先完成华蓝道馆的挑战，解锁枯叶市地图。这时玩家不着急过去，而可以前往华蓝市地图右上角的25号道路，在这里有一间房子是正辉的住宅，玩家可以直接开门进入。里面有一只神奇宝贝皮皮，与之进行交互可以了解到他就是正辉，玩家需要帮助他进行电脑操作，将其变回人形。这里只要在其进到房间里的机器内以后走到电脑前进行交互就行，后续正辉会出现并送给玩家一张圣安奴号的船票，使用它可以在枯叶市的码头坐船。
枯叶市也很好找，玩家从华蓝市下方出去之后一路经过五号公路，到头之后进地下隧道，出来以后往上转弯就到六号公路，沿着这里就可以到枯叶市。之后玩家可以在枯叶市进行探索，也可以直接沿着小地图去找海边的码头，来到码头将船票交给码头的船员即可上船。上船之后会出现在甲板上，进入船舱顺着里面直走找到上楼的楼梯，在这里的右侧有一间房间门外站着劲敌，这间房间就是船长室，玩家必须与之战斗才能够顺利进入其中。
建议玩家在找船长室之前现在枯叶市进行探索或与船上的训练师进行战斗，这是因为船长室门外的劲敌实力很强，他们的宝可梦等级会比其他训练师都要高一些，刚刚解锁枯叶市的玩家基本无力对抗。并且玩家一旦战胜他们并进入船长室之后就会触发剧情，需要与晕船的船长进行对话，并利用药品对其进行治疗，药品源自于枯叶市，玩家如果不做探索就无法拥有，并且后续船长恢复，圣安奴号就会直接发船，不给玩家回到枯叶市再进行资源获取的机会。
