玩家在合众地区探险的时候，不管去调查谁家的柜子，还是跟哪个钓鱼大叔对话，在通关之前都是一个钓竿都拿不到的。在这个版本里钓鱼已经变成了二周目的专属玩法，玩家需要把主线剧情跑完，看着N带着自己的理想或真实离开，等到制作人员名单滚完，玩家就会重新在家里的二楼醒来，这时候玩家才能去寻找厉害钓竿。
当玩家重新回到自家的下层，会发现剧情还没有结束，魁奇思虽然跑了，但等离子团的七贤者还躲在合众地区的各个角落。这时候玩家会下楼看到妈妈和另一位客人，也就是国际刑警对话，这个国际刑警看到玩家下楼后会拜托玩家帮忙搜捕剩下的七贤者。跟玩家交代完搜捕任务后，国际刑警就会把这根厉害钓竿交到玩家手里。
拿到这根厉害钓竿后，并不是找个水边一站就能钓到强力的水系宝可梦。这个版本多了一个叫水面波纹的玩法，玩家平时对着平静的水面甩杆，钓上来的大多是些随处可见的皮皮鲸或者是爱心鱼之类的杂鱼。如果玩家想找厉害的水生宝可梦，那就需要在水边反复跑动或者冲浪，直到水面上出现那种深色的圆形波纹，这时候玩家只需要把鱼钩甩进那个波纹里就有很大概率钓到稀有宝可梦了。在一号道路的水域，普通钓鱼只能钓到野蛮鲈鱼，但要是玩家对着波纹钓鱼，那就有机会钓到美纳斯。
