带着初始的御三家宝可梦走出真新镇，一路挑战完尼比市的小刚馆主后，会顺着三号道路来到月见山。月见山的最深处可以找到一个守着两块化石的理科生，在击败他之后他会让玩家从两块化石中挑选一个作为战利品。左边的那块是贝壳化石，后期可以用来复活成具有水属性和岩石属性的菊石兽，右边的那块是甲壳化石，可以复活成同样是水与岩石属性的镰刀盔。这两块化石在月见山里只能二选一，一旦你捡起了其中一块，另一块就会被理科生拿走，无法通过其他方式再次获得这块化石。
无论是贝壳化石还是甲壳化石目前都只是背包里的重要物品，并不能直接上场战斗。想要让这块化石复活必须把剧情推进到游戏后期到达红莲岛，红莲岛位于关都地区的西南海域，通常需要从真新镇向南用宝可梦冲浪，或者从浅红市向南游过十九号和二十号水路才能到达。在红莲岛的左下角有一座研究所，这里是研究宝可梦基因和化石的地方。
进入红莲研究所后直接走到最右边的那个房间，那里坐着一名研究员，他交谈他会询问是否要进行复活实验。选择想要复活的那块化石交给他，在他接收化石后出门转一转后再重新走进来。再次回到研究员身边时，他就会把复活好的宝可梦交给玩家。刚得到的化石宝可梦初始等级只有五级，直接带在身上去打后期的天王挑战赛会非常吃力，建议带着它们去真新镇附近的草丛练练级，或者给它们带上学习装置分享经验。
