控制舰队是无尽的拉格朗日的核心玩法之一，直接影响战斗效率和资源获取。舰队由多种舰船组成，包括驱逐舰、巡洋舰、战列舰和航母等，每种舰船具备不同的功能和定位。合理配置舰船类型和数量是控制舰队的基础，需要根据战斗需求调整舰船比例，例如航母搭载战机提供远程支援，巡洋舰负责中距离火力压制，而驱逐舰则适合近距离缠斗。舰船的位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排舰船，因此高防御舰船应部署在前排吸收伤害。
舰队的指挥值限制是控制舰队时需要注意的关键因素。初始指挥值为300，升级基地后可提升至400，超过限制将无法编组舰队。通过增援功能可以突破指挥值限制，但需注意增援后舰队会改为普通航行模式，无法继续曲速航行。高速侦查舰可先行抵达目标位置，再通过增援快速调动主力舰队，大幅节省行军时间。工程舰与运输舰混编能提升采矿效率，尤其是在前期仓储容量较小时，合理利用运输舰可减少往返次数。
战斗中的舰队控制需要关注舰船攻击序列和武器克制关系。舰船武器分为火炮、鱼雷、导弹和光束等类型，不同武器对特定舰船有额外伤害效果。能量武器如斗牛级刺水母能无视护甲，适合突破敌方高防御单位。维修舰虽然能提供治疗，但在中后期战斗中治疗量往往跟不上输出，需谨慎编入舰队。战斗中可手动调整舰队策略，例如处于劣势时暂避锋芒，引诱敌方追击后再进行包围反击。
舰队的持续升级和维护是长期控制的关键。科技研发能解锁高级舰船和强化模块，优先提升火力、防御和航行速度等核心属性。战后及时维修舰船，避免因状态不佳影响后续战斗。利用地形优势可弥补舰队配置不足，例如巡洋舰无法进入小行星稀疏区，而高能辐射区能阻挡小型舰船骚扰。同盟协作是控制舰队的高级策略，通过共享矿区和联合防守能有效提升资源安全和战斗胜率。
情报收集和战术应变是控制舰队的进阶技巧。战斗前分析敌方舰队组成和战术倾向，针对性调整己方配置。灵活运用封锁功能可自动刷野怪获取经验，但需注意封锁会消耗策略值并可能引发冲突。舰队命名不仅便于管理，还能在PVP中迷惑对手，例如将主力舰队命名为侦查分队以降低敌方警惕性。定期优化舰船模块装配，根据战场需求调整武器和防护系统比例，确保舰队始终处于最佳状态。
