当原本的普通矿井转变成危险矿井后仍然为一百二十层，但是在危险矿井中是禁止使用电梯的。虽然每一层的矿井地形没有出现太大的改变，但是在每一层地图中都会多出一定数量的放射性矿锭。每一层中刷出的放射性矿锭数量与每日的运气成正比，如果只考虑重复刷同一层危险矿井的话，就可以在出发去到矿井之前将角色当天的运气增益堆高一些。同时危险矿井会采用三十层更换一次地图风格的机制，在探索一层到三十层之间碰到的地图风格就是海洋主题。
此时可以在地面上拾取到的所有觅食就与海洋相关，比如彩虹贝壳、鹦鹉螺或者海带等。这里需要注意刷出在危险矿井中的怪物数量，几乎可以达到普通矿井中刷出怪物数量的两倍以上。在前三十层的地图探索期间，必定会遇到齐史莱姆、蓝色鱿鱼、臭虫、崛地虫以及岩石蟹。将这几种敌对生物击杀掉之后，就可以高概率拾取到它们掉落的铱针、加压喷头以及放射性矿锭等。三十一层到四十层就是漆黑层，在这十层中就会新增加石炭幽灵、危险石魔以及红色蝙蝠等怪物。
从四十一层开始就会进一步转变为森林主题，所以在这三十层之间开荒时就可以拾取到蕨菜以及紫蘑菇等觅食物品。当然在地图中也会遇到杂草、树枝以及桃花心木等作物，如果在当前阶段缺少硬木的话，就可以来到危险矿井的四十一到七十层刷一下。在这三只层中出现的敌对生物多以危险的蛆、灰尘精灵以及苍蝇为主，其中的灰尘精灵在跳跃到空中时是无敌的。
刷这些怪物就可以收获到大量的虚空精华以及各种金属锭，剩余的七十到一百二十层就是骷髅层，原本的普通骷髅怪就会进化成危险骷髅怪，并且还新增加了骷髅法师以及幽灵头骨。将齐先生核桃房任务中的深处的危险做完之后，原本的普通矿井就会立刻转变成危险矿井。并且在做完深处的危险任务后，也可以操控角色去到矿井一百二十层中寻找挑战之神庙。在挑战之神庙中就可以找到一个红色的祭坛，与此处的红色祭坛交互就可以将原本的普通矿井切换成危险矿井，也可以重复交互使原本的危险矿井切换回普通矿井。
