获得贝壳化石的地点是月见山，玩家在从尼比市向东前往华蓝市的路上会穿过月见山。当玩家沿着月见山里的道路一路向下走到最底层的出口附近时，玩家会遇到一名拦路的理科男NPC。这名理科男NPC的身后有着两块化石，其中的一块就是贝壳化石。玩家需要与这名NPC对话进行一场宝可梦战斗，只有在击败他的几只宝可梦后玩家才能拿到贝壳化石。
战斗胜利后这名理科男NPC会允许玩家拿走他身后摆放在地上的两块化石中的一块，地面上左边摆放的是甲壳化石，右边摆放的就是贝壳化石。玩家只需要直接走向右边的化石并按下确认键，系统就会提示玩家获得了贝壳化石，这块化石会被放入玩家背包的重要道具栏中。当玩家拿走了右边的贝壳化石，左边的甲壳化石就会被对面的理科男NPC拿走，在这一周目的主线剧情中玩家将无法再从月见山获得另一块化石。
在月见山拿到贝壳化石后，玩家在很长一段时间内都用不到它，只能继续推进主线剧情，直到拿到了冲浪秘传学习器，这时候玩家能够顺着二十号水路和二十一号水路前往位于地图左下角的红莲岛。到达红莲岛后不要急着去挑战火系道馆，玩家前往岛上左下角的那栋宝可梦研究所，进入研究所后走到最右侧的第三间房间。房间里右上角坐着一位研究员NPC，玩家需要走到他面前与其对话并将贝壳化石交给他，在外面走到一定步数后就可以从他这里拿到贝壳化石复活成的菊石兽了。
