化石翼龙是一只岩石属性加飞行属性的宝可梦，想要获得这只宝可梦需要把主线剧情推进到前期的尼比市，就是玩家击败的第一个岩石属性道馆馆主小刚的那个城市。在尼比市的北部有一个尼比市科学博物馆，玩家从正门进入博物馆需要支付50元的门票钱，而且进去后只能在展厅一楼和二楼观看，并不能获得复活化石翼龙所需的道具。
玩家在拿到岩石道馆馆主小刚的徽章后，需要继续向东穿过四号道路到达华蓝市，击败华蓝道馆的小霞后去枯叶市的圣安奴号轮船上从船长那里拿到秘传机器居合斩，并让队伍里的宝可梦学会这个技能。这时候玩家需要原路返回尼比市，用居合斩砍掉博物馆右侧的那棵挡路的小树，从那个后门直接进入博物馆的研究所内部。进入后可以看到里面会有一位身穿白大褂的研究员站在桌子旁边，玩家走过去与他对话，他会把一个名为秘密琥珀的道具送给玩家。
拿到秘密琥珀后玩家需要继续去推进后面的主线剧情，一路通关到达的第七个道馆所在地红莲岛后，玩家在岛上的左下角可以找到红莲岛研究所。走进研究所大厅后，里面会有一条长廊，长廊右侧有着好几间不同的研究室。玩家不需要管前面的几扇门，直接走到走廊的最尽头，推门进入最右边的那间房间。在这间房间的右上角有一位科研人员，玩家走过去与他进行对话并将秘密琥珀交给他后，出去移动一定的步数再回来找他就可以拿到化石翼龙了。
