想要抓到龙卷云，玩家手里必须准备好一只能够带自己飞上天的宝可梦。只会飞翔的普通宝可梦是无法做到的，必须通过二周目剧情获得的拉帝欧斯才可以。玩家需要在背包里携带大吾赠送的无限之笛，这个道具可以触发飞行模式。当玩家按下笛子的使用按钮，骑在拉帝欧斯的背上飞向芳缘地区的上空，会发现地图的景观发生了变化，变成了可以自由操控方向的3D空间。
龙卷云藏在空中的特殊气象中，在飞行过程中玩家需要寻找一块巨大的且不断闪烁着雷电的黑色云朵。这团云通常悬浮在武斗镇附近的南边海域上空，或者是在石之洞窟周边的气流里。需要注意的是如果玩家的宝可梦队伍里没有携带特定的宝可梦，这团黑云根本不会出现。
为了让这团黑云出现，玩家的宝可梦阵容里必须有一只能够感应天气的宝可梦，也就是漂浮泡泡。这只宝可梦在剧情推到天气研究所时，那里的研究员会直接送一只给玩家。当玩家带着漂浮泡泡并使用无限之笛飞到武斗镇附近时，那团黑云就会出现。玩家只需要操控拉帝欧斯直接进入那团黑云，龙卷云就会出现在你面前开始战斗。龙卷云是一只飞行属性的宝可梦，而且等级高达五十级，在对战开始前建议玩家把队伍里等级最高的宝可梦放在首位。建议先用电属性或者冰属性的招式压低它的血量，但千万别失手把它打死了，等它的血量降到一定程度时再配合催眠术或麻痹粉等异常状态控制住它，这时候使用高级球的成功率会提升很多。
