玩家第一次进入烧焦塔的地下一层会看到水君、雷公和炎帝这三只传说中的宝可梦就在那里，当玩家靠近它们时它们会瞬间向四周散开。玩家需要跟随那个名叫米那君的水君头号粉丝一起在城都和关都的各个角落寻找它的踪迹，直到最后的战斗时刻。第一次在烧焦塔惊动水君之后前往湛蓝市去拿到格斗系馆主的徽章，并从他妻子那里获得秘传机飞翔，往城市的上方走会发现水君正站在岸边盯着大海。当玩家走近它时，它会立刻跳进水里消失，随后米那君会跑出来跟玩家发生对话。
完成湛蓝市的剧情后前往四十二号道路，也就是在圆朱市和卡吉镇之间的那条路上。在道路中间的部分有一个需要使用居合斩才能砍掉的小树，砍掉它之后往里走会发现一小块空地，水君就在这里等着玩家。和之前一样一旦玩家靠近它就会迅速跳出屏幕，而米那君也会再次准时出现。
当玩家打败了城都地区的全部八个馆主，并解决了火箭队在满金市广播塔的动乱之后，坐船抵达枯叶市并开始关都的旅程。处理好关都地区发电厂的零件失窃事件，解决掉华蓝馆主小霞的约会干扰事件，并回到华蓝市北边正辉家门口那块延伸出去的高地，玩家会看到水君再次站在悬崖边眺望远方。这次它不会再逃跑去别的地方，而是会停留在原地接受玩家的挑战，挑战之前不要忘记给游戏存个档。
