在应天府、苏州府等城市刚刚开辟新区域时，经常可以看到土地上散落着许多光秃秃的枯木，这些被称为枯木的障碍物是不能通过常规的改布局模式直接挪走或回收的。想要彻底消除这些枯木必须点击该障碍物，消耗一定数值的体力通过派遣居民进行清理。通常情况下普通城市地块上的枯木清理主要消耗铜钱和少量劳动力，点击枯木后会弹出提示框显示所需的时间和资源，等待倒计时结束枯木就会消失，出现的就是平整的可建筑用地。
在秦淮河畔、七狸山塘等驿站探险地图中，枯木的消除与城市建设有所不同，它是作为一种采集资源存在的。玩家需要操控探险角色移动到枯木旁边，点击枯木图标，此时会消耗探险体力值，根据枯木的大小消耗的体力通常在十点到三十点左右。消除这些枯木后玩家不仅能清空道路，还能获得重要的枯枝这些枯枝是后续修复建筑、完成任务或者是兑换火药等道具的材料。如果探险角色的体力不足，建议换上体力上限更高的角色，或者吃一颗三白酒瞬间回满体力继续清理。
对于那些位于城市边缘、尚未解锁区域内的枯木，玩家是无法直接点击消除的。这个时候就必须先点击该地块上插着的旗幡，查看解锁该区域所需的知府等级以及应天府印、铜钱、菜肴等物资要求。只有当这片地块被正式开发解锁后，内部的枯木才会从灰色不可选中状态变为可交互状态，解锁后的第一时间建议优先清理这些枯木和废墟。清理本身会奖励玩家少量的经验值，对于早期快速提升知府等级非常有帮助，是低等级玩家获取经验的重要途径。
