把主线剧情推进到绿岭市这个地方，坐船或者冲浪来到这座有着宇航中心的小岛去挑战这里的道馆。绿岭市的道馆馆主是双胞胎枫和南，他们使用的是超能力属性的宝可梦，而且战斗模式是二对二的双打，建议准备好恶属性或者幽灵属性的宝可梦来应对。在成功击败这对双胞胎并拿到心灵徽章之后，就拥有了在地图上使用潜水术的资格。
拿完徽章从道馆出来会发现绿岭市的右侧有一个宇航中心，那里正被火岩队或者水舰队的成员包围着。冲进宇航中心一路过关斩将击败那些杂兵，最后在二楼会遇到大吾，这时候需要和他组队进行一场二对二的战斗。战斗结束后大吾会寒暄几句并让你去他的家里找他，大吾的家就在绿岭市左上角的位置。直接推门进去跟他对话，他为了感谢帮忙解决宇航中心的危机，会亲手把潜水术技能机交给玩家。
拿到潜水术之后并不能随便找个海面就潜下去，需要骑着会冲浪的宝可梦在海面上寻找那种颜色特别深、看起来像深蓝色色块的海域。这种深色区域代表着深海海沟，只有在这些格子的正上方按下确认键，系统才会提示是否使用潜水。进入深海后会发现一个完全不同的海底世界，里面通常有着独特的水草和岩石，还有很多藏在暗处的洞窟。去开启三神柱石门的布告石室或者是追踪水舰队潜艇的海底洞窟等剧情，都必须依靠这个技能才能到达。
