遗迹山谷在六之岛右侧，要过去得先解锁七岛航线，还得有冲浪和间合斩技能。解锁七岛航线需要先升级图鉴，去火焰山右侧山洞拿红宝石交给博士，换来船票才能坐船到六之岛。到六之岛后，从宝可梦中心出发，一路往右走，遇到水域就用冲浪技能穿过去，很快就能看到遗迹山谷的入口，入口附近有片草丛，里面会遇到超音蝠和穿山鼠，不用特意理会，直接往前走就行。遗迹山谷中心有个洞穴，门口挡着树木，得用间合斩砍断才能进去，这是拿蓝宝石的关键路径，必须得进。
进洞穴后是多层迷宫，得按固定路线走才能到下层。第一层的正确方向是先往上走，走到头再往左，接着转向右，最后往下走，按这个顺序就能找到通往下层的入口。路上会碰到训练师，不想浪费时间可以绕开，要是想刷经验就直接打，他们的宝可梦等级不高，用等级35以上的格斗系或水系宝可梦很容易应对。洞穴里还有岩石障碍，暂时不用管，主线用不上劲力技能推石。下到洞穴底层后，会触发和火箭队成员的战斗，打赢他们能拿到蓝宝石，但很快会被抢走，不过会得到一个重要密码。这时候不用急着继续探索，先飞回六之岛的宝可梦中心，能遇到小茂触发后续剧情。探索过程中要带够PP恢复药剂和解毒药，超音蝠会放毒，没解毒药很麻烦，PP药则能保证技能有足够次数应对战斗。
要是想抓未知图腾，得在其他区域拿到劲力技能后回来，推动洞穴里特定的石块能开启密室，密室里有不同形态的未知图腾。不过新手优先推进主线，等拿到蓝宝石相关的密码后，再考虑回来收集也不迟。从底层出来后，还能继续往遗迹山谷深处走，那边连接着绿色小径和变化洞穴，只是前期暂时用不上这些区域。
