沙影黑巢有四个难度，单人模式、故事模式、精英模式以及传奇模式，其中单人模式只需要一人就能挑战，另外三个难度则需要四人组队挑战并且战斗难度更高，每次进入时需要根据难度消耗不同数量的黑兆石之羽。沙影黑潮团本内奖励掉落方式有2种，击败boss后掉落，阶段结束后翻牌奖励，奖励包括用来打造70级武器和防具的全新打造材料，秘羽假面和黑羽禁忌戒环，除了打造材料外，还会掉落65级史诗品质装备等丰厚奖励，还有机会获得史诗级徽记、记斯库尔徽记、波吉特徽记以及夏洛特徽记。
进入副本后，第一个遇到的敌人是斯库尔，第一阶段的斯库尔攻击主要以使用手中的电吉他挥砍、喷火为主，在这个阶段中，斯库尔还会控制场地周围音响进行攻击，需要及时破坏场地周围的音响，否则音响会发出毁灭音波，触发秒杀机制，成功破坏音响后，斯库尔会陷入虚弱状态，可以趁机输出。斯库尔的血量降低到一定程度后，会进入第二阶段，场地四周的音响会向中央喷射火焰，斯库尔全身被火焰包裹，此时斯库尔的攻击会附带大范围火焰效果，这时候需要一边躲避攻击以及场地音响喷射的火焰，一边找机会攻击。进入第三阶段后，斯库尔会召唤火球砸向地面，地面将会留下一片燃烧区域，同时四周的音响会再次喷射火焰，这时候需要找到安全的地方进行躲避，与之前阶段一样，同样会操控四周音响进行攻击，需要及时破坏音响。
击败斯库尔后，需要挑战波吉特与戈尔珈，这时候屏幕中央会有进度条显示戈尔珈此时的心情，戈尔珈喜欢的食物可以通过之前解救的火飞团伙伴得知，如果吃到不喜欢的食物，怒气值会增加，需要将不喜欢的食物搬运到地图边缘丢掉。戈尔珈血量下降到一定程度后，会陷入狂怒模式，攻击欲望会大幅度增长，倒计时结束后，会吃掉场上所有食物，需要避免戈尔珈吃到不喜欢的食物，否则会触发秒杀机制。
击败斯库尔、波吉特和戈尔珈后，挑战最后的boss渡鸦夏洛特，第一阶段中，夏洛特会使用魔法丝线束缚我们，被束缚后无法移动和攻击，需要利用渡鸦之眼的攻击切断丝线解救队友。第一阶段夏洛特还会开启终结的狂舞，发动大范围全图AOE攻击，需要跳跃躲避。进入二阶段后，夏洛特使用魔法丝线构造出魔法阵，利用渡鸦之眼切割线阵后，来到大炮旁边，使用大炮攻击位于天空中的夏洛特，没有使用大炮，需要及时清理甲板上的乌鸦，将其击落后就能正常进行输出。进入最终阶段后，夏洛特在场地中央召唤渡鸦，需要像之前一样利用渡鸦之眼切断大炮，与渡鸦周围魔法丝线的保护后，就能攻击渡鸦，在击败渡鸦后，副本就顺利通关了。
