虫巢挑战是联盟专属活动玩法之一，依靠军团与各种炮台抵御无尽的虫巢。虫巢挑战的奖励分为三个部分，分别是每日挑战积分奖励、每日联盟宝箱奖励和当期虫巢悬赏排行奖励。每日挑战积分奖励，每天可以两次挑战两次，两次挑战的积分总和达到对应阶段，就能领取相应的奖励，奖励包含备用军械、量子矩阵、T2随机1星模组箱、信用点，其次是每日联盟宝箱奖励，根据参与虫巢挑战获得的积分总和，提升联盟宝箱的段位，奖励分别是T2随机1星模组箱、量子矩阵、量子合金材料，联盟段位和个人排名越高，获得奖励数量越多。
最后的奖励是当期虫巢悬赏排行奖励，活动开放期间，根据当期个人总积分排名可以获得对应排名奖励，奖励分别为量子合金、量子矩阵和疲劳药剂，排名越高获得的奖励数量越多。虫巢挑战是类塔防玩法，进入活动之后，需要先进行军团配置和炮台配置，也可以使用阵容同步功能，将自己已有的军团配置同步至活动中。炮台可以在速射机炮、激光阵列、战术导弹这3种形态中切换，不同形态具有不同的特性，可以根据自己的军团配置合理选择。
开启挑战后，每隔20秒或击杀完场上敌人，又会出现一波虫族大军从不同方向进攻，可以自由控制军团进行战斗，每消灭一队虫族能获得1积分，直到基地被毁，军团全灭或者成功坚守六分钟。开启挑战之前，查看活动界面的挑战情报，根据每期不同的情报调整自己的军团配置，可以提升挑战得分。活动中包含训练模式瑟吉，是相同难度的模拟关卡，挑战前通过训练模式测试阵容配置，保证获取最高分。
活动中虫族数量庞大且集中，因此使用玄武泰坦、瑶光母舰、烈阳战车这种自带范围能力的兵种，能打更高的伤害。炮台是重要的战力组成，只要被打掉就无法修复，可以考虑使用反伤团在前排分担伤害，并搭配后勤军团维持核心军团的耐久，可有效提升防御塔存活率。炮台的配置，可以根据自身军团配置和每期情报灵活调整，通常是远导弹、中激光、近击炮的分列布置，通过合理配置军团与炮台，成功抵御虫巢，获得更多的积分。
