壹叁也就是两个具有独立形态的忍者，基于其自带的特殊战斗机制可以同时登场作战，但是操作轮盘与其他常规忍者存在较大差别。在右下角原来的普攻按键更改为方向键，并且此前的替身按键也被主副角色切换按键所替代。在实战中分辨主副角色的唯一一样就是观察期脚下的蓝色圆圈，其中带有大蓝色圆圈的忍者也就是主控角色，另外存在小蓝圈的忍者就是副控角色。通过滑动左侧的方向键就可以操控主控角色随处挪动，而另外一侧的方向键就是专门用来操控副控角色的。
壹与叁在战斗期间采用血条共享的机制，并且在切换主副角色时视野也会一共跟着切过去。如果当前副控角色所处的位置在主控角色视野之外的话，那么在屏幕一侧就会出现对应的蓝色箭头提示。在选择该忍者进入到决斗场地时默认壹为主控角色，当壹或者叁的正前方有敌人贴近时，不需要按下任意操控键本体就会自动进行反进攻。在发动反进攻时会打出一套持续三段的完整普攻，一旦操控主控角色将与对手之间的身位差拉远一点距离，就可以强制壹将当前的自动攻击停止掉。
第一段自动普攻为挥臂将受击对手打退一个身位，二段普攻拉动披风并对身前的敌人横扫一下，最后一段自动普攻伸出手臂上的蛇从对方身上刺透过去。而切换到叁的操作视角同样可以无缝打出三段自动普攻，一段为向前挥掌并将受击敌人打退一个甚微。二段自动普攻提膝将对手打至浮空态，最后一段普攻向前高速突进并合手打出交叉手刃将其打飞。此外主副忍者都拥有独立的主动技攻击模组，其中壹的主动技为蛇刺咬。释放该技能后本体会伸出蛇臂并射出数条蛇刺从对手身上穿透过去，而叁自带的主动技为羽翼轰炸。按下其技能图标后本体会在地面将鹰通灵出来，随后朝着斜下方的目标持续射出羽翼连打。
并且这些羽翼插在地面之后还会自动爆裂掉。在战斗期间还可以以短按奥义键的形式将副控角色召唤到主控忍者身前，成功召唤后可以看到奥义图标上显示出三秒的冷却倒计时。当场地内的副控角色成为敌方攻击的受击目标时，就可以借助短按大招图标将副角色召唤回来，此时顺利完成召唤的话就会扣掉一个奥义点。当然在主动角色被对手攻击打到时可以将主副忍者调换一下，随后在短按奥义键将处于受击状态的副角色召唤回来。最后就是壹以及叁共用的最终奥义蛇缠空狱焰，按下大招图标后主控角色会先将副控忍者召唤到他的身前。紧接着在场地内召唤出无数条蛇将受击对手给缠绕住，最后两人合力在高空中通灵出鹰，鹰在出现后会朝着地面上的敌人射出遍地带有延迟爆裂效果的飞翼。
