稀有忍者的技能机制和基础属性都会比普通忍者好太多，从角色特殊性角度来看，六道仙人是整个火影忍者世界中极为关键的存在，他是查克拉之祖，其后代分化出了宇智波和千手两大族，玩家入手这个忍者后，只需要重点培养它即可提升自己的竞技能力。在游戏的排行榜里面也可以看出，六道仙人的排名还是很靠前的，说明这个忍者的强度高，但对应的上手难度很大，所以不适合所有玩家入手。
大筒木辉夜在游戏剧情设置里是《火影忍者》中最终的幕后黑手，也是第一个拥有查克拉的人，实力极为强大，其能力在原著中是独一无二的。这个忍者虽然也比较稀有，但目前的排位赛出场率来看，它不是很主流的输出忍者，所以不是很推荐。从能力独特性角度来说，千手柱间拥有强大的木遁忍术，其木遁忍术不仅能创造出各种木制结构用于攻击和防御，还能创造出森林等大型自然景观，这种能力不管是防守战还是输出战都有优势，因此很受玩家的喜欢。
宇智波带土的神威能力可以操作时空转移，进行攻击和防御，这个忍者也是最推荐玩家入手的，主要是因为机制克制效果强悍，可以克制不少的s级忍者。宇智波止水则拥有强大的幻术能力，其万花筒写轮眼的幻术效果极为强大，游戏里控制能力出色，可以轻松抓取敌人打断敌人连招。
目前获取难度最大的还是大野木忍者，虽然属于S忍但获取难度是SR级别的。玩家需要通过参与巅峰对决活动来获得碎片，且排名越靠后获得的碎片越少，平民玩家基本无缘。除了这个忍者外，还有一部分的限定忍者也很难获取，这种大概率都是花钱才能买到的，而且只在特定的活动里出现比如春野樱。
