挑战因子是一种特殊难度的机制，可以为我们附加额外buff效果，目前游戏中的挑战因子主要有三大类，周挑战因子、普通挑战因子和特殊挑战因子。挑战因子可以在单人游戏中在任务展板处接受挑战任务，这个方法获得的挑战因子每天都会刷新，每天通关后也可以获得挑战奖励，奖励主要是一些蓝币以及一些材料。在地牢中我们会遇到警官，进行交互后会获得随机一种挑战因子，遇到其中也会获得一种特殊因子。
局域网联机时可以开启挑战因子选项，并手动刷新因子类型，远程联机也可以开启周挑战因子，完成后可以获得大量材料，周挑战因子和普通挑战因子可以同时开启。通关隐藏关卡可以获得一些特殊因子，这些都是游戏里面获得挑战因子的方法。周挑战因子目前游戏中一共有8种，时空裂缝怪物死亡后有几率留下时空缝隙，可以对周围的敌人造成伤害。死亡爆炸能让怪物死亡后发生爆炸，我们也会受到爆炸伤害，自身死亡还会产生大爆炸。
有些挑战因子可以带来正面效果，也有一些只会带来一些改变体型增加限制的效果，我们可以选择不同的因子来增加挑战的趣味性。游戏里面的特殊因子有四种，这四种全部都是能给我们提供增益效果的因子，每日因子是最多的，可以通过完成每日挑战的任务，指定获取想要的因子。
