守护神殿有大殿后殿和探索区三类区域，大殿中间有很多魔法石和炮台装置。炮台四周会被防护罩围起来，其能够防止怪物走捷径对魔法石发起攻击。大殿区域的上方就是后殿，另外三个方向则分别是冰原火山和森林区域。后殿中会有各类NPC和一个仓库，在机械大师处可以花星币购买或者升阶炮台，神秘商贩处则会出售药水和扳手。每次过完关后记得找导师学技能，再找工匠升级一下武器。刷图时有武器掉落而未被捡起的话会自动将其传送到仓库，角色在仓库中可以取出或重制武器。
探索区内会有各种小怪房和首领怪房，还会有金矿房和外星据点。神殿怪物可能会获得部分基因变异效果，处于神圣状态的怪物会免疫所有异常状态并获得免伤效果，护盾怪物则会携带一个可以挡住远程子弹的护盾。恶魔怪物身上会有很高的伤害减免效果，但对它施加冰冻中毒等负面状态后会使其减伤效果发生丢失。反射怪物在受到攻击时会自动释放一圈震荡波并反射伤害，隐形怪物无法被角色或者炮台锁定，但它们的血量上限一般都非常低。力量怪物的血攻属性都会得到提升，其攻速和移速则会略有降低，同时它们的体型会稍微变大一点。敏捷怪物和力怪的加成方向完全相反，能量损毁怪物的子弹会附带吸蓝效果。
近战武器可以直接攻击到护盾怪物本体，怪物本体死亡后护盾会随之消失。探索区的每个房间都会有提前设定好的怪物等级数量和刷怪波次，怪物等级越高对人物打出的伤害就越高。守护神殿的任务根本还是保护魔法石，怪物触碰到魔法石后会消失并使其掉血。角色在探索时会接到三至五个任务，任务分为收集击败和护送协助四类。收集任务一般是要找到另外几个元素精灵，击败任务则是要击败神秘人或者外星入侵者，也可能是攻破城堡并击杀首领或者设法在虫群中生存。护送任务只需要在神殿中帮助太郎找到主人，或者是护送矿脉之心和火焰石前往神殿。协助类任务需要协助小骑士击退敌人，也有可能刷到营救发疯的咯噔弗里曼。
神秘人城堡和外星怪物任务只有在到达特定地点后才会开启，开局时是无法从任务栏中看到它们的。将同品质武器进行合成可以获得更高品质的武器，同级武器合成后会使新武器获得额外的等级提升。仓库内的武器等级和品质都有上限，如果三把武器中有两把可以合成，则新武器必为对应的合成武器。若武器不能被进阶套件或烤炉喷漆等配件影响，合成后的新武器会保持为该武器不变。同等级武器品质越高升级费用越高并且成功率越低，同品质武器等级越低升级消耗越低并且成功率会变高，武器升级失败后会使下次升级成功率提升。
